Był niezłomny. Przez całe życie szedł wyprostowanyBył niezłomny. “Ks. Stanisław Małkowski miał pierwotnie zginąć razem z ks. Jerzym Popiełuszką albo stać się głównym celem morderstwa politycznego”

Homilia była prosta, oszczędna w słowa. Moje wrażenie było jedno – ten ksiądz się nie bał. Nazywał rzeczy ich imionami i po prostu się nie bał. Ludzie zgromadzeni na tej mszy św. słuchali go w ciszy i skupieniu. Widziałem płaczące kobiety. Pamiętam ten obraz, choć samego ks. Stanisława nie widziałem wtedy z bliska, taki był tłum.

Nie zdawałem sobie wówczas sprawy, jak groźny był dla komunistów. Ta wiedza pojawiła się dopiero, kiedy dostępne stały się dokumenty przejęte przez Instytut Pamięci Narodowej. Komunistyczna Służba Bezpieczeństwa przez dekady intensywnie go prześladowała. Jako jeden z niezłomnych kapelanów opozycyjnych i bliski przyjaciel ks. Jerzego Popiełuszki stał się jednym z głównych celów operacyjnych komunistycznego aparatu represji. W latach 80. nazwisko ks. Stanisława znalazło się na specjalnej liście „najbardziej niewygodnych księży”. Według ustaleń z tamtych lat ks. Stanisław Małkowski miał pierwotnie zginąć razem z ks. Jerzym Popiełuszką albo stać się głównym celem morderstwa politycznego. Esbecja pisała o nim: „przedstawiciel wrogiego kleru katolickiego”.