Urodził się 14 września 1947 r. w Okopach k. Suchowoli (woj. białostockie), jako trzecie z pięciorga dzieci Władysława i Marianny.

W 1965 r. wstąpił do Seminarium Duchownego w Warszawie. W latach 1966–1968 odbył służbę wojskową w specjalnej jednostce kleryckiej w Bartoszycach. Święcenia kapłańskie przyjął 28 maja 1972 r. z rąk kard. Stefana Wyszyńskiego.

Jako duszpasterz pracował w podwarszawskich Ząbkach, Aninie, a następnie w warszawskich kościołach Dzieciątka Jezus, św. Anny i św. Stanisława Kostki. W 1978 r. został włączony do Referatu Duszpasterstwa Stanowego i Zawodowego przy kurii archidiecezjalnej i zajął się duszpasterstwem środowisk medycznych w Warszawie. W czasie dwóch pierwszych papieskich pielgrzymek do Ojczyzny i pogrzebu prymasa Wyszyńskiego kierował służbą medyczną.

Ze względu na zły stan zdrowia otrzymał zezwolenie na ograniczone zajęcia duszpasterskie. Zamieszkał jako rezydent przy parafii św. Stanisława Kostki. W sierpniu 1980 r. przedstawiciele strajkujących hutników przyszli do prymasa Wyszyńskiego z prośbą o delegowanie księdza, który odprawiłby mszę św. niedzielną na terenie zakładu. Kard. Wyszyński zlecił to ks. Bronisławowi Piaseckiemu, a ten zaproponował ks. Popiełuszce. Od kwietnia 1982 r. wraz z proboszczem parafii św. Stanisława Kostki, ks. Teofilem Boguckim, organizował Msze św. za Ojczyznę.

Na mszach gromadzili się nie tylko mieszkańcy Warszawy, ale także działacze zdelegalizowanej „Solidarności” z całego kraju. Jego działalność stała się solą w oku władz. Służba Bezpieczeństwa próbowała go zastraszyć, m.in. nieustannie inwigilując, uszkadzając samochód, rzucając kamienie w okno i organizując prowokację na ul. Chłodnej. Do znajdującego się tam mieszkania ks. Popiełuszki podrzucono amunicję, materiały wybuchowe i antypaństwowe
publikacje.

Na tej podstawie ks. Popiełuszko został aresztowany (przebywał w Pałacu Mostowskich od 12 do 13 grudnia 1983 r.). Wysuwa się często sugestię, że w otoczeniu ks. Popiełuszki był konfident SB. Być może chodzi o agenta o pseudonimie „Vacat”, na którego ślad trafił prokurator Andrzej Witkowski. Dzięki zabiegom Sekretariatu Episkopatu nie doszło do procesu, a księdza objęła amnestia z 21 lipca 1984 r. Wśród wielu artykułów, jakie prasa rządowa, a także moskiewskie „Izwiestia” poświęciły działalności ks. Jerzego Popiełuszki jesienią 1984 r., znalazł się także tekst rzecznika rządu Jerzego Urbana, opublikowany (pod pseudonimem Jan Rem) w tygodniku „Tu i teraz” (nr 38 z 19 września1984 r.). J. Rem pisał m.in.:

Ks. Jerzy Popiełuszko jest więc organizatorem sesji politycznej wścieklizny. [...] Bardzo to smutne, ale prawdziwe, póki ma swoją klientelę ks. Popiełuszko i wzięciem cieszą się jego czarne msze, do których Michnik służy i ogonem dzwoni.

Działalność ks. Popiełuszki była wielokrotnie podnoszona przez władze państwowe w rozmowach z abp. Bronisławem Dąbrowskim. 9 października 1984 r. na kolejne skargi ze strony gen. Zenona Płatka abp Dąbrowski powiedział, że po otrzymaniu wiadomości od „pewnej grupy panów” z otoczenia ks. Popiełuszki, obawiających się o jego bezpieczeństwo, powstał plan wysłania go na studia do Rzymu:

Ks. Jerzy się waha, ale oświadczył mi, że jeżeli ks. Prymas zdecyduje – pojedzie. Przestańcie więc demonizować ks. Popiełuszkę i dokuczać mu.

Mimo tak wyraźnej deklaracji strony kościelnej, że ks. Popiełuszko dla swego bezpieczeństwa zostanie odsunięty od duszpasterstwa robotników – zaczęto realizować plan morderstwa.

19 października 1984 r. ks. Popiełuszko odprawiał mszę św. w kościele Braci Męczenników na Wyżynach w Bydgoszczy. Wieczorem wsiadł do samochodu, który prowadził Waldemar Chrostowski, i udał się w drogę powrotną do Warszawy.

Tuż po opuszczeniu granic miasta został uprowadzony przez funkcjonariuszy IV Departamentu MSW: kapitana Grzegorza Piotrowskiego i poruczników Leszka Pękalę i Waldemara Chmielewskiego. W trakcie jazdy skuty kajdankami Chrostowski, siedzący na tylnym siedzeniu, zdołał wyskoczyć z pędzącego samochodu, gdy tymczasem ksiądz leżał pobity i związany w bagażniku. Na przedmieściach Torunia przy hotelu „Kosmos” ks. Popiełuszko zdołał wydostać się z bagażnika i zaczął wołać pomocy, ale nikt go nie słyszał lub nie chciał słyszeć.

Po ucieczce Chrostowskiego Grzegorz Piotrowski zadecydował o wrzuceniu skrępowanego i wielokrotnie bitego ks. Popiełuszki do zalewu wiślanego na tamie pod Włocławkiem.

19 października wieczorem żyjącego jeszcze ks. Popiełuszkę wrzucono do wody. Być może mógłby zostać uratowany, ponieważ samochód wiozący sprawców i porwanego księdza był zatrzymywany przez patrol milicji, jednakże nie był przeszukiwany, gdyż kierowca wozu posiadał specjalną przepustkę „W”, pozwalającą na swobodne poruszanie się.

U podstaw zbrodni, jak ustalił sąd, leżało przynajmniej sześć celów: ujęcie ks. Popiełuszki, wydobycie z niego informacji m.in. na temat depozytu pieniężnego „Solidarności” Regionu Mazowsze, zamordowanie ofiary, kompromitacja jego osoby, zastraszenie innych księży oraz  zastraszenie środowisk opozycyjnych. Jak ustalił sąd, spośród kilku księży, których mógł spotkać los ks. Popiełuszki (ks. Małkowski, ks. Kutermag, ks. Osiński, ks. Liniewski), sprawcy „planowo”, „spokojnie” i „zupełnie na zimno” wybrali ks. Popiełuszkę.

Chociaż główny oskarżony Grzegorz Piotrowski twierdził, że ks. Popiełuszko zginął przypadkowo, to jednak sąd nie dał wiary wyjaśnieniom, przypominając słowa sprawcy:

góra chce, aby ks. Popiełuszko zginął raz na zawsze.

Przewód sądowy nie ustalił, kto należy do owej „góry”. Na życie ks. Popiełuszki podjęto kilka zamachów. Jeden z wcześniejszych planów zakładał wypchnięcie go z pociągu, którym miał swego czasu jechać do Katowic. 13 października 1984 r. podjęto kolejny zamach na jego życie, rzucając cegłę w stronę samochodu, w którym jechał, aby w ten sposób spowodować śmiertelny „nieszczęśliwy” wypadek. Po uprowadzeniu i zdobyciu pożądanych informacji ks. Popiełuszko miał zostać porzucony w jednym z bunkrów Kazunia Polskiego.

Jednakże po ucieczce Chrostowskiego Grzegorz Piotrowski zadecydował, że ksiądz zostanie utopiony w zalewie wiślanym. O zamiarze dokonania zbrodni świadczy fakt, że sprawcy mieli przygotowane dwa worki z kamieniami, które miały obciążyć ciała Chrostowskiego i ks. Popiełuszki wrzucone do Wisły.

Ks. Popiełuszko, zanim stracił życie, był torturowany, duszony i bity pałką po głowie i po całym ciele przez Piotrowskiego. 30 października 1984 r. z zalewu na Wiśle we Włocławku wyłowiono zwłoki ks. Popiełuszki.

Pogrzeb odbył się 3 listopada 1984 r. Zamordowany kapłan został pochowany przy kościele św. Stanisława Kostki na Żoliborzu. Uroczystościom pogrzebowym przewodniczył ks. prymas kard. Józef Glemp. W pogrzebie wzięli ponadto udział przedstawiciele Episkopatu Polski, członkowie zdelegalizowanej „Solidarności”, przedstawiciele władz państwowych i korpusu dyplomatycznego oraz setki tysięcy wiernych.

Waldemar Chrostowski natychmiast po ucieczce poinformował władze kościelne i milicję, dzięki czemu uprowadzenie i jak się wkrótce okazało – zamordowanie ks. Popiełuszki zostało nagłośnione, a władze resortu bezpieczeństwa w krótkim czasie zdołały schwytać bezpośrednich sprawców. O uprowadzenie, torturowanie i pozbawienie życia ks. Popiełuszki (a także o uprowadzenie i usiłowanie pozbawienia życia Waldemara Chrostowskiego oraz wcześniejsze usiłowanie pozbawienia życia ks. Popiełuszki, Chrostowskiego i Seweryna Jaworskiego) oskarżono trzech funkcjonariuszy Służby Bezpieczeństwa pracujących w IV Departamencie MSW: Grzegorza Piotrowskiego, Waldemara Chmielewskiego i Leszka Pękalę.

Aktem oskarżenia objęto także Adama Pietruszkę – pełniącego funkcję zastępcy dyrektora departamentu w MSW, któremu podlegał szef wydziału w departamencie IV – Grzegorz Piotrowski. Zdaniem sądu Adam Pietruszka – bezpośredni przełożony Piotrowskiego – był

właściwym inicjatorem zbrodni i jej inspiratorem wobec pozostałych oskarżonych.

Adam Pietruszka ułatwiał przeprowadzenie zbrodni, osłaniał bezpośrednich sprawców, a po zbrodni – zacierał jej ślady.

Rozprawa toczyła się przed Sądem Wojewódzkim w Toruniu od 27 grudnia 1984 do 7 lutego 1985 r. Skład sądu: przewodniczący – prezes Sądu Wojewódzkiego Artur Kujawa, sędzia sprawozdawca Jurand Maciejewski; prokurator: Leszek Pietrasiński z Prokuratury Generalnej i Zygmunt Kołacki z Prokuratury Wojewódzkiej w Toruniu. Jako oskarżycieli posiłkowych dopuszczono rodziców i brata ks. Popiełuszki oraz Waldemara Chrostowskiego.

Ich pełnomocnikami byli adwokaci Andrzej Grabiński, Jan Olszewski, Krzysztof Piesiewicz i Edward Wende. Obrońcy oskarżonych: Janusz Ilasz, Eugeniusz Graczyk, Zygmunt Pubanc, Barbara Marczuk i Jerzy Kwietnicki.

Prawomocnym wyrokiem sądu w Toruniu z 7 lutego 1985 r., a 22 kwietnia 1985 r. wyrokiem Sądu Najwyższego – Grzegorz Piotrowski został skazany na 25 lat więzienia, Adam 7 Pietruszka na 25 lat, Leszek Pękala – 15 lat, Waldemar Chmielewski – 14 lat.

W 1986 r. wszystkim trzem sprawcom złagodzono karę: Pietruszce karę 25 lat
zamieniono na 15 lat, Pękali z 15 lat obniżono do 10 lat, Chmielewskiemu z 14 lat do 8. W grudniu 1987 r. sprawców
objęła kolejna amnestia – Adamowi Pietruszce złagodzono karę z 15 do 10 lat (wyszedł na wolność w 1995 r); Pękali z 10 do 6 lat, Chmielewskiemu z 8 do 4 lat i 6 miesięcy. Grzegorzowi Piotrowskiemu zamieniono karę z 25 na 15 lat, wyszedł na wolność w 2001 roku.

Mimo przyznania się sprawców do winy nie zostały wyjaśnione wszystkie okoliczności zbrodni, a zwłaszcza motywy oraz zleceniodawcy.

Nie wyjaśniono roli w podżeganiu do zabójstwa gen. Władysława Ciastonia, wiceministra spraw wewnętrznych i szefa Służby Bezpieczeństwa, i Zenona Płatka – dyrektora IV Departamentu MSW (w czasie gdy został zamordowany
ks. Popiełuszko). Po 1989 r. powstała możliwość ponownego rozpatrzenia sprawy.

Od 24 lipca 1990 r. śledztwem w procesie gen. Ciastonia i Płatka, którym postawiono zarzut kierowania uprowadzeniem i zabójstwa ks. Popiełuszki, kierował prokurator Andrzej Witkowski. W dniu 3 grudnia 1990 r., krótko po tym, gdy przedstawił plan poszerzenia czynności śledczych o osoby stojące wyżej w kierownictwie władzy, został odwołany. W 1994 r. Sąd Wojewódzki w Warszawie uniewinnił obu generałów od zarzutu podżegania do zabójstwa.

Sąd apelacyjny uchylił wyrok i nakazał powtórzyć proces. W styczniu 2000 r. sąd wyłączył z postępowania chorego Zenona Płatka, i pod koniec października 2000 r. rozpoczął się proces gen. Ciastonia, oskarżonego między innymi o kierowanie zabójstwem ks. Popiełuszki i podżeganie funkcjonariuszy SB do tzw. prowokacji na ul. Chłodnej.

Mimo ustaleń sądu toruńskiego nadal trwają spekulacje nad motywami zbrodni. Istnieje szereg hipotez, które na łamach „Tygodnika Powszechnego” sformułował Edward Wende. Według pierwszej uprowadzenie ks. Popiełuszki miało wywołać zamieszanie, które osłabi podziemie solidarnościowe. W przygotowaniu i uprowadzeniu mieli brać udział funkcjonariusze KGB. Twórcą tej wersji wydarzeń jest Adam Pietruszka, który wraz z Zenonem Płatkiem miał dojść do wniosku, iż zepchnięcie winy na towarzyszy radzieckich wymusi zatuszowanie sprawy. W trakcie śledztwa oskarżeni przyznali, że ich zeznania dotyczące udziału KGB były zmyślone.

Według drugiej hipotezy morderstwo mogło być efektem paniki, jakiej ulegli funkcjonariusze po ucieczce Waldemara Chrostowskiego. Tej hipotezie przeczy fakt, iż sprawcy przed porwaniem czynili faktyczne przygotowanie do popełnienia zbrodni (worki z kamieniami, sznur samozaciskający). Akcja mogła wynikać też z chęci wykazania się przed własnym kierownictwem.

Niewykluczone, że sprawę można by traktować także jako osobiste porachunki: Grzegorz Piotrowski zeznał, że traktował ks. Popiełuszkę jako osobistego wroga. Trzecia hipoteza: Grzegorz Piotrowski twierdził, że działanie zabójców nie było aktem samowoli, lecz czynnością służbową. Pietruszka utrzymywał, że został zmuszony do wzięcia na siebie roli, która zatrzyma dochodzenie i uniemożliwi wykrycie rzeczywistych sprawców.

Również Chmielewski był zdania, że działania podjęte w październiku 1984 r. musiały być zainicjowane przez najwyższy szczebel dowodzenia w resorcie. Odmówił jednak podania nazwisk osób, które miałyby sprawować nadzór nad akcją. Inna hipoteza zakłada, że morderstwo miało być sygnałem dla środowisk opozycyjnych, iż władze przechodzą do akcji pozaprawnych, a śmierć ks. Popiełuszki miała być początkiem spirali represji. Generał Czesław Kiszczak sugeruje, że zamach na księdza miał prowadzić do zamieszania, w efekcie którego doszłoby do zmiany ministra spraw wewnętrznych i osłabienia frakcji reformatorskiej z Kiszczakiem i Jaruzelskim na czele. W rozmowie
z abp. Dąbrowskim w lutym 1985 r. stwierdził, że proces nie wyświetlił wszystkich okoliczności zbrodni, a mianowicie nie wskazał na właściwych inicjatorów; Pietruszka nie mógł być dla Piotrowskiego autorytetem. Inicjatorem zdarzeń mógł być gen. Mirosław Milewski, którego pozycja została zagrożona przez ujawnienie afery „Żelazo”.

Spekuluje się także, że przewidywany wyjazd ks. Popiełuszki do Rzymu na studia miał stać się dla SB okazją usadowienia swego agenta blisko papieża. Odmowa współpracy, a być może i groźba ujawnienia złożonej ks. Popiełuszce propozycji, miała być przyczyną zabójstwa. Ani proces toruński, ani proces gen. Ciastonia nie odpowiadają na zasadnicze pytanie o inspiratorów zbrodni.

W krótkim czasie grób ks. Popiełuszki znajdujący się przy kościele św. Stanisława na Żoliborzu stał się celem licznych pielgrzymek nie tylko członków „Solidarności”, ale także wiernych przekonanych o męczeńskiej śmierci duchownego, który naczelną zasadą swej kapłańskiej posługi uczynił słowa:

Nie daj się zwyciężyć złu, ale zło dobrem zwyciężaj.

14 czerwca 1987 r. w czasie kolejnej pielgrzymki do Ojczyzny przy grobie ks. Popiełuszki modlił się papież Jan Paweł II.
Archidiecezjalny proces beatyfikacyjny ks. Jerzego Popiełuszki rozpoczął się 8 lutego 1997 r. Pierwszy etap procesu beatyfikacyjnego zakończono w lutym 2001 r. 3 maja 2001 r. w Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych rozpoczęto czytanie i analizę akt procesowych nadesłanych z Polski.

Ksiądz Jerzy Popiełuszko został w niedzielę 6 czerwca 2010 roku ogłoszony błogosławionym.

oprac. ks. Jerzy Myszor, tekst ukazał się w "Biuletynie IPN" w październiku 2004 roku