Instytut Jagielloński wyraża głębokie zaniepokojenie planowanym przez rząd przystąpieniem do systemu Jednolitego Patentu Europejskiego. Regulacje prawne w ramach Jednolitej Ochrony Patentowej, nad którą pracuje Rada UE z Parlamentem Europejskim, zagrażają rozwojowi  i innowacyjności polskiej gospodarki, z ryzykiem dla wszystkich polskich przedsiębiorców, w tym mikro, małych i średnich. Jednolity Patent Europejski zakłada utworzenie Jednolitego Sądu Patentowego, z siedzibą w Monachium z wyłączną jurysdykcją w sprawach patentowych. Ta instytucja eliminuje potrzebę walidacji przez krajowy Urząd Patentowy RP, a także autoryzuje jedynie trzy języki dla postępowania przed JSP i treści patentów (angielski, niemiecki i francuski).

Jednym z największych zagrożeń będzie gąszcz patentów, ponieważ w Polsce nie będzie dostępna pełna informacja dotycząca wszystkich patentów obowiązujących w naszym kraju. Konsekwencją tego będzie stopniowa marginalizacja rodzimego Urzędu Patentowego. Ewidentnie dyskryminowana jest reszta języków ojczystych w Unii Europejskiej. Beneficjentami systemu będą wyłącznie kraje wysoko rozwinięte technologicznie z silnym potencjałem technologicznej innowacyjności, a także dysponujące znaczącymi funduszami na badania i rozwój, włączając w to również duże koncerny międzynarodowe. Dla krajów poszkodowanych, takich jak Polska, w skład zwiększonych kosztów wejdą koszty tłumaczeń, które zostały przerzucone na podmioty chętne na zapoznanie się z treścią patentów. Podmiot uprawniony z patentu zostanie zwolniony z obowiązku tłumaczenia  na języki państw, w których będzie korzystał z monopolu patentowego. Ponadto, wzrosną wydatki publiczne np. na eliminacje dostępu do znacznie tańszych leków generycznych, a spadną wpływy do budżetu z powodu braku opłat za ochronę patentów. Co więcej, Polska będzie zobowiązana do ponoszenia kosztów działania Jednolitego Sądu Patentowego. Zaznaczmy, że czołowe państwa UE, takie jak Hiszpania i Włochy, odmówiły przystąpienia do systemu.

Trzeba się także zastanowić, czy tak działający Sąd Patentowy będzie w stanie zabezpieczyć interesy polskich firm. Koszty funkcjonowania i dochodzenia swoich praw w starciu z wielkimi koncernami mogą okazać się zbyt wysokie, a wtedy szanse na zapewnienie bezpieczeństwa informacjom kluczowym dla rozwoju innowacyjnej produkcji mogą okazać się niewielkie.

Poza grożącymi polskim firmom gigantycznymi stratami i dodatkowymi kosztami, wątpliwości w zakresie przystąpienia do Jednolitego Patentu Europejskiego budzą także inne kwestie. Po pierwsze wydaje się, że taka instytucja, jak proponowany Jednolity Sąd Patentowy, nie mieści się w ramach prawnych wyznaczanych przez Konstytucję RP. Nie jest on ani „Sądem”, ani „Trybunałem” w rozumieniu rozdziału VIII Konstytucji. Państwo straci ważny atrybut suwerenności, jakim jest sprawowanie władzy sądowniczej nad własnym terytorium. Do groteski sprowadzony zostanie art. 174 ustawy zasadniczej, zgodnie z którym sądy wydają wyroki „w imieniu Rzeczypospolitej Polskiej”. Po raz kolejny niepokój budzi wprowadzanie tak radykalnych zmian w systemie prawnym Polski bez szerokich konsultacji ze społeczeństwem i w sposób mający niewiele wspólnego z jawnością życia publicznego. Niestety, przypomina to bardzo próby przyjęcia przez RP porozumienia ACTA w początkach roku 2012, przeciwko czemu zresztą Instytut gorąco protestował.

Po drugie należy sobie zadać pytanie na temat celowości tworzenia struktur i rozwiązań równoległych do już istniejących w ramach europejskiego systemu ochrony patentowej. Jest to działanie ze wszech miar niezrozumiałe i tylko jedna okoliczność może je tłumaczyć: czołowe gospodarki europejskie szykują się na rozpad Unii Europejskiej, bądź marginalizację jej organów i chcą w inny sposób zapewnić swoim firmom przewagę konkurencyjną na rynkach międzynarodowych. Jeśli byłaby to prawda, całkowicie przekreślałoby to założenia polskiej polityki zagranicznej i europejskiej w ostatnich latach, oznaczając jej całkowitą klęskę. Zarazem oznaczałoby to konieczność jej radykalnej weryfikacji.

Instytut Jagielloński apeluje do rządzących o odstąpienie od działań na rzecz przyjęcia JPE jako zagrażających suwerenności i bezpieczeństwu ekonomicznemu Państwa oraz narażającego jego obywateli na straty finansowe związane z ograniczeniem konkurencyjności wielu typów produktów, a co za tym idzie, wzrostu ich cen.